Vào tháng 2 năm 1801, các thành viên của Hạ viện được bầu chọn để xác định xem liệu Jefferson hay Burr sẽ trở thành tổng thống. Có mười sáu tiểu bang, mỗi bang có một phiếu bầu; đa số tuyệt đối của chín là cần thiết cho chiến thắng. Đó là Hạ viện sắp mãn nhiệm, do Đảng Liên bang kiểm soát, bầu tổng thống mới. Jefferson là kẻ thù lớn của những người Liên bang, và một nhóm đại diện của đảng Liên bang đã cố gắng chặn Jefferson và bầu Burr. Hầu hết những người Liên bang đã bỏ phiếu cho Burr, trao cho Burr sáu trong số tám bang do Liên bang kiểm soát. Bảy phái đoàn do đảng Dân chủ Cộng hòa kiểm soát đều bỏ phiếu cho Jefferson và đại diện Liên bang duy nhất của Georgia cũng bỏ phiếu cho ông, cho ông tám bang. Phái đoàn Vermont được chia đều và bỏ phiếu kín. Bang còn lại, Maryland, có năm đại diện Liên bang với ba người Dân chủ Cộng hòa; một trong những đại diện Liên bang đã bỏ phiếu cho Jefferson, buộc phái đoàn bang đó cũng phải bỏ phiếu kín.[7]

Dù đúng hay không, những người Dân chủ Cộng hòa tại Hạ viện, từ đầu chiến dịch vào 1800 đã xem Jefferson là ứng cử viên tổng thống của họ và Burr làm phó tổng thống, đã phải đối mặt với hai kết quả đáng ghê tởm khi họ gặp nhau để bỏ phiếu: Một người Liên bang lên kế hoạch để Burr thắng, hoặc, những người Liên bang từ chối phá vỡ bế tắc để Bộ trưởng Ngoại giao John Marshall làm Quyền Tổng thống.[8] Tuy nhiên, cả hai dự đoán đều không thành công, chủ yếu là do sự phản đối mạnh mẽ Burr của Hamilton. Trong suốt bảy ngày, từ ngày 11 đến ngày 17 tháng 2, Hạ viện đã bỏ tổng cộng 35 phiếu bầu, trong đó, mỗi lần nhận được số phiếu của tám phái đoàn của mỗi bang, chưa đạt được đa số trong số chín phiếu cần thiết mỗi lần. Hamilton đề nghị với những người Liên bang rằng họ ủng hộ Jefferson vì ông "không phải là một người đàn ông nguy hiểm" như Burr; Nói tóm lại, anh ta thà có một người có nguyên tắc sai còn hơn là không có ai.[9] Hamilton bắt tay vào chiến dịch viết thư điên cuồng để khiến các đại biểu chuyển đổi phiếu bầu.[10]Vào ngày 17 tháng 2, trên lá phiếu thứ 36, Jefferson đã được bầu. James A. Bayard, một người Liên bang từ Delaware và các đồng minh của ông ở Maryland và Vermont đều bỏ phiếu kín.[11] Điều này dẫn đến việc phiếu bầu của Maryland và Vermont thay đổi từ không có lựa chọn nào lại chuyển sang bầu Jefferson, mang lại cho ông phiếu bầu của 10 tiểu bang. Bayard, với tư cách là đại diện duy nhất từ ​​Delaware, đã thay đổi phiếu bầu của mình từ bầu Burr thành không có lựa chọn nào.[12] Bốn đại diện có mặt từ Nam Carolina, tất cả đều là những người Liên bang, cũng thay đổi lựa chọn 3 phiếu cho Burr thành trống.